Die Gemeinde führt heute das Wappen einer mittelalterlichen Familie von Bassersdorf, deren Schild in Edlisbachs Wappenbuch (um 1493) überliefert ist und in späteren Wappenbüchern in verschiedenen Abwandlungen auftaucht.

Das Wappenbuch von Stumpf, wohl in den 1540er Jahren entstanden, zeigt den Schild siebenmal schräggeteilt; auf Gygers Zürcher Karte von 1667 ist er oben und unten versetzt, je viermal geteilt. Von Silber und Blau siebenmal schräglinks geteilt, findet sich das Familienwappen um 1740 im Lexikon von Meiss. Das Pfründenbuch von 1743 wiederholt die schräglinke Teilung, doch nur fünfmal.

Im 18. Jahrhundert setzte sich eine zweite Wappenform durch: in Rot mit goldenem Schildrand ein blauer Reichsapfel mit goldenem Kreuz. Der Reichsapfel erscheint erstmals 1719 im Dekanatsbuch des Pfarrkapitels Regensberg und wurde 1793 auf einem Brunnen und um 1885 im Stempel des Gemeinderates angebracht.

Das heutige Wappen wurde durch den Gemeinderatsbeschluss vom 5. Juni 1930 festgelegt.

Im Jahre 1931 erhielt die politische Gemeinde Bassersdorf einen territorialen Zuwachs: Das Dorf Baltenswil wurde aus der Gemeinde Nürensdorf herausgelöst und Bassersdorf zugeteilt.

Über dem Eingang des Schulhauses Baltenswil ist ein Wappen mit dem Stern eingemeisselt. Beim Bau des Schulhauses im Jahre 1825 war Baltenswil noch eine selbständige Gemeinde.

Der im Jahr 2000 anlässlich der Quartiererschliessung Steinacher / Waldacher erstellte Dorfbrunnen ist mit dem Wappen geschmückt. Der Brunnen war mit dem Wappen gelber Stern auf blauem Grund verziert.

Anlässlich der 75-Jahr-Feier der Zugehörigkeit von Baltenswil zu Bassersdorf befasste man sich mit den Farben des Dorfbrunnens und übermalte dann das Wappen auf dem Brunnen, das bis dahin identisch war mit dem der benachbarten Gemeinde Dietlikon. Beim Beschluss über die Farben soll man sich auf eine alte Zeichnung einer Schülerin gestützt haben. Nun entspricht das Wappen dem von Gutenswil in der Gemeinde Volketswil.